L'histoire du Jardin d'Émeraude commence par un drame de famille. Athéa, brisée par la perte de son fils Ethan et les trahisons de Lukas et Yoka, conclut que la douleur, la mort et la souffrance ne sont que les symptômes d'une maladie: l’Humanité.

Lorsqu'une météorite s'écrasa sur terre, au milieu d’une île et détruit toutes vies alentour pour la transformer en des êtres non réfléchis, avide de sang, Athéa ne voit pas une fin, mais un moyen de façonner, comme elle l’entend, la vie. Le cristal alien ressemble à un émeraude autant dans l’apparence que dans sa composition, contient en réalité un virus mutagène capable de réécrire l'ADN.

Lucifer a alors fondé L'Organisation. Son but : transformer les vivants, les amnésiques et les orphelins en êtres supérieurs. Pour ce faire, il décida d’abord d’organiser une batterie de tests sur des criminels. Puis afin de les contenirs, il construit à la surface de l'île un labyrtinthe.

Après la construction du labyrinthe, l'Organisation analyse la météorite et révèle la présence d'un virus extraterrestre baptisé Charon. Contrairement aux maladies conventionnelles, Charon agit comme un vecteur d'évolution rapide, réécrivant l'ADN des sujets pour les rendre invulnérables aux agressions physiques et magiques.